Categoria Regional y Discrepancias con la Federación Sur
Tras la negación de la Federación Española de admitir al Algeciras en la recién creada categoría de 2ª División Española, el Club empezaría nuevamente desde la categoría Regional Andaluza grupo 2 donde solo la disputaría el propio Algeciras y el Málaga.
Después de múltiples discrepancias con la Federación Sur, el Club abandonaría la promoción de ascenso de categoría, teniendo así que disputar la siguiente temporada nuevamente en Categoría Regional. En esta nueva temporada, el Algeciras quedaría muy lejos de los puestos de ascenso, siendo superado por Málaga y Real Balompédica Linense.
Años oscuros en el club
La dejadez empieza a conquistar terreno y tras la instauración de la II República el Campo del Calvario sufre continuos robos y saqueos, llegando al extremo de ser quemado y destrozado por unos vándalos.
El Algeciras F.C. se queda sin un feudo reglamentario capaz de albergar hasta tres mil espectadores y con derecho a hacer taquilla, iniciándose una oscura época donde la ciudad no podrá ver fútbol. El vandalismo ha arremetido fuerte, pero no es capaz de derrumbar la afición por el fútbol, naciendo a partir de entonces equipos sin mucha repercusión a nivel regional, pero sí capaces de forjar jugadores importantes que marcharán a clubs más importantes de otras localidades. Un hecho impórtate es que el Club no puede competir a nivel profesional, pero no pierde su ficha federativa, como así lo recoge la Federación Sur (actual Federación andaluza de Futbol). Con ello podemos ver como a pesar de no poder competir, sí disputa partidos amistosos con clubes humildes de la ciudad.
A pesar de la guerra, hay fútbol
La Guerra Civil frena el desarrollo de los clubes y competiciones. Durante el conflicto bélico se pasan muchas calamidades, pero afortunadamente dentro de lo que cabe, el frente anda muy alejado y la zona queda sujeta bajo el bando nacional, pudiéndose organizar a partir de 1938 encuentros entre distintos cuerpos militares. Entre 1938 y 1939 surgen equipos ocasionales como el de Infantería, el de Automovilismo y el de Ingenieros, a los cuales se añaden el España F.C., el Racing F.C. y el de la S.E.U. para conformar una Liga local tras la conclusión de la Guerra.
La cantera algecireña conoce la aparición de auténticos fenómenos del balompié. A estos jóvenes podemos verlos en algún que otro partido con el Algeciras F.C. Entre ellos podemos ver a un algecireño muy reconocido como era Antonio Márquez Jiménez “Polo”, quien fuera apresado por los sublevados mientras disfrutaba de su descanso tras jugar la temporada con el F.C Barcelona.
Polo y el Algeciras F.C disputaron varios amistosos con otros clubes de la ciudad durante la Guerra Civil, siendo esto recogido por la prensa de la época. Otro de los jugadores destacados que jugaron algunos amistosos durante la guerra fue el histórico Andrés Mateo, una de las figuras más insignes del fútbol nacional, donde todavía es recordado por los seguidores sevillistas, alcanzando la internacionalidad en varias ocasiones, y su hermano Paco, jugador entre otros equipos de Valencia, Barcelona, Burdeos y Estrasburgo.
Creación de la Federación local
Con el final de la sangrienta Guerra Civil española se reconstruye el viejo campo del Calvario, se le arrienda al Sr. Roca para celebrar encuentro entre equipos locales; y el fútbol algecireño reinicia una nueva etapa y es gracias a Juan Casero, antiguo jugador del club, quién impulsa la reconstrucción del equipo que en pocos años llega a categoría nacional, pero para ello debía competir antes en la recién creada liga local.
Entre estos clubes que disputaría esta nueva liga local, se encuentran La Pandilla, El Pugilato, Betis de Algeciras, Hotel Garrido, Corchera Española F.C, Racing F.C, C.D. Obrero, España F.C., Levante de Algeciras F.C. o el Nacional F.C
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